Entre 1580 y 1640 estuvieron unidos los reinos de Portugal y España bajo la corona de Felipe II, III y IV de la Casa de Austria (fueron Felipe I, II y III de Portugal). Durante esos 60 años se borraron los límites de tratado de Tordesillas, que dividía los descubrimientos en dos hemisferios del globo terráqueo, uno para cada reino. La línea de este lado del planeta dejaba poco a Portugal ya que entraba en el continente sudamericano por debajo de la desembocadura del Amazonas y volvía al Atlántico a la altura de la isla de Santa Catalina (Florianópolis). Fue entonces cuando los portugueses avanzaron hacia el oeste sin más restricciones que la negativa de los jesuitas a la explotación de los indígenas. Es que los bandeirantes paulistas, conchabados con algunos encomenderos españoles, usaban las reducciones como canteras de esclavos para sus plantaciones. El río Uruguay fue la barrera natural que consiguió detenerlos, por eso no era moco de pavo cruzar el río para adentrarse en el actual territorio brasileño, donde había cantidad de guaraníes que Roque y los misioneros jesuitas no querían dejar a merced de los codiciosos bandeirantes.
Así que desde Yapeyú, Roque cruzó el Uruguay con la idea de establecer reducciones del lado oriental del río de los pájaros. Fundó San Nicolás, Asunción del Ijuí y Todos los Santos de Caaró. El 15 de noviembre de 1628 andaba tratando de subir una campana al mangrullo de Caaró junto con Juan del Castillo, cuando un hechicero despechado llamado Ñesu los sorprendió desprevenidos y los mató a macanazos; después tiraron al fuego sus cuerpos, pero parece que el corazón de Roque seguía latiendo, hasta que Ñesu le encajó un flechazo. El tercero se llamaba Alfonso Rodríguez y lo pescaron dos días después, cuando iba a pedir ayuda a Asunción del Ijuí; lo enlazaron y los arrastraron con caballos hasta que murió. La macana con la que mataron a Roque se conserva, junto con su corazón, en la iglesia de Cristo Rey de Asunción. La flecha que atraviesa su corazón está en casi toda la iconografía del santo, igual que la imagen de la Virgen María con que se lo representa vivo, llamada por él La Conquistadora. Hasta 1960 el corazón se podía ver en una pequeña hornacina iluminada de la iglesia del Salvador de Buenos Aires.
En 1988 Juan Pablo II canonizó –declaró santos– a Roque González, Juan del Castillo y Alfonso Rodríguez, pero desde que los declararon beatos en 1934 se celebra su día el 17 de noviembre en la Argentina y el 19 en el Paraguay.